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La Chiesa Nuova venne costruita sopra la casa di Giovan Battista Bini, supposa casa natale di s. Francesco. Fu acquistata nel 1615 da fra’ Alessandro di Trejo, vicario generale dei Minori dell’Osservanza, con i denari concessi dal re di Spagna Filippo III. La prima pietra fu posta dal vescovo Marcello Crescenzi il 30 agosto 1615, come si legge in una lapide murata sulla facciata. Nel 1621 era già officiata, anche se la consacrazione avvenne soltanto nel 1691.
Il disegno dell’edificio, derivato da S. Egidio degli Orefici a Roma, è un interessante esempio di ripresa di modelli architettonici rinascimentali. Dai documenti, sembra che esecutore dell’opera fosse fra’ Rufino da Cerchiara. La facciata, costruita in mattoni, è divisa da quattro lesene che sostengono una emisferica. Il portale architravato ha un timpano spezzato su mensole, con lo stemma di Filippo III, affiancato da quelli dell’Ordine francescano e di Alessandro di Trejo. L’interno è a croce greca, coperto da cupole nei bracci e nel corpo centrale a base ottagonale.